«Команды, занявшие по итогам первого этапа места с 9-го по последнее в своих конференциях, прекращают участие в Чемпионате МХЛ сезона 2012–2013 годов.

Распределение мест с 17-го по 33-е осуществляется среди команд-участников не попавших в плей-офф в соответствии с очками, набранными этими командами по итогам первого этапа чемпионата МХЛ. При этом более высокое место получает команда, имеющая лучший показатель соотношения количества набранных очков к общему количеству сыгранных матчей на первом этапе, вне зависимости от конференции, в которой они играли. В случае равенства у команд этого показателя окончательное положение команд в итоговой таблице будет определено жеребьевкой», — отмечается в поправках, включенных в регламент.